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土地增值稅清算新規與所得稅政策又增區別
2011-11-25
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解讀國稅函[2010]220號：土地增值稅清算新規與所得稅政策又增區別
近日，為了進一步做好土地增值稅清算工作，稅務總局下發了《稅務總局關于土地增值稅清算有關問題的通知》（國稅函[2010]220號）就土地增值稅清算工作中有關問題作出明確。筆者結合相關政策解讀如下。
一、關于土地增值稅清算時收入確認的問題
土地增值稅清算時，已全額開具商品房銷售發票的，按照發票所載金額確認收入；未開具發票或未全額開具發票的，以交易雙方簽訂的銷售合同所載的售房金額及其他收益確認收入。銷售合同所載商品房面積與有關部門實際測量面積不一致，在清算前已發生補、退房款的，應在計算土地增值稅時予以調整。
解讀：《稅務總局關于房地產開發企業土地增值稅清算管理有關問題的通知》（國稅發[2006]187號）以及《稅務總局關于印發<土地增值稅清算管理規程>的通知》（國稅發[2009]91號）規定納稅人下列情形之一的，應進行土地增值稅的清算：1、房地產開發項目全部竣工、完成銷售的；2、整體轉讓未竣工決算房地產開發項目的；3、直接轉讓土地使用權的。納稅人符合下列情形之一的，主管稅務機關可要求納稅人進行土地增值稅清算：1、已竣工驗收的房地產開發項目，已轉讓的房地產建筑面積占整個項目可售建筑面積的比例在85%以上，或該比例雖未超過85%，但剩余的可售建筑面積已經出租或自用的；2、取得銷售（預售）許可證滿三年仍未銷售完畢的；3、納稅人申請注銷稅務登記但未辦理土地增值稅清算手續的；4、省稅務機關規定的其他情況。
納稅人具備以上條件，無論是主動清算還是被動清算，都要首先面臨一個問題，就是如何確定收入總額。根據國稅函[2010]220號具體可歸納為以下兩種情況。
1、開發項目銷售完畢且已全額開具商品房銷售發票的，按照發票所載金額確認收入
開發產品銷售收入若會計處理均通過“預收賬款”科目核算，則“預收賬款”各年度該項目累計發生額即為收入總額。此種情況下，商品房確權面積已經完成，確權面積結算價款已經確認，終結算發票已經全部開具，依據發票所載金額確認土地增值稅收入是成立的，某些省市規定開發商只要銷售收款就開具發票，比如天津市。所以發票所載金額能夠反映出商品房銷售收入。這種情況下清算時要注意復核編制的項目簽約銷售清單、確認面積結算單、銷售發票或銷售收據是否一致，相互勾稽關系是否成立。
此外，未在“預收賬款”科目核算的屬于轉讓房地產的全部價款及有關的經濟收益的收費項目也應當計入收入總額。對于開發商在項目開發過程中代收費用是否計入收入總額繳納土地增值稅，要注意財政部、稅務總局《關于土地增值稅一些具體問題規定的通知》[1995]48號文件中規定：“對于縣級及縣級以上人民政府要求房地產開發企業在售房時代收的各項費用，如果代收費用是計入房價中向購買方一并收取的，可做為轉讓房地產所取得的收入計稅；如果代收費用未計入房價中，而是在房價之外單獨收取的，可以不作為轉讓房地產的收入。對于代收費用作為轉讓收入計稅的，在計算扣除項目金額時，可予以扣除，但不允許作為加計20%扣除的基數；對于代收費用未作為轉讓房地產的收入計稅的，在計算增值額時不允許扣除代收費用”。因此，若房地產開發企業不是按照縣級以上人民政府的規定要求代收的費用，則也要作為開發產品的收入總額征稅。財務處理計入“其他應付款”科目核算，可能導致銷售合同清單、銷售發票清單與會計科目“預收賬款”收入總額不相一致。所以清算時對于銷售收入總額要分析填列。
國稅發[2006]187號規定，土地增值稅以有關部門審批的房地產開發項目為單位進行清算，對于分期開發的項目，以分期項目為單位清算。開發項目中同時包含普通住宅和非普通住宅的，應分別計算增值額。所以銷售收入總額還要首先分期確定，然后分類確定。
2、未開具發票或未全額開具發票的，以交易雙方簽訂的銷售合同所載的售房金額及其他收益確認收入。銷售合同所載商品房面積與有關部門實際測量面積不一致，在清算前已發生補、退房款的，應在計算土地增值稅時予以調整。
并不是所有省市均要求開發商收款就要開具發票，甚至以前年度尚未清算的老項目也存在一定程度的欠開發票現象，僅依據發票所載金額不能如實反映開發產品銷售總額，特別是開發產品已售未收款在財務賬目也沒有反映的情況下，哪么清算所依據的重要資料就是交易雙方簽訂的銷售合同，按照合同所載的售房金額及其他收益確認收入也是成立的。但這種方式不能清算時是否已將全部銷售合同如實包括，不能確認是否全部銷售合同均屬備案。無論納稅人還是主管稅務機關，對于開發項目的開發樓棟、開發套數、規劃面積、預售面積、確權面積等基本數據要進行逐一復核，印證相互勾稽關系。
開發項目開始清算，按照開發商編制的項目銷售合同簽約明細表確認收入，若沒有考慮已經按照實際確權面積進行結算的補、退房款差異，仍會存在誤差。
《商品房銷售管理辦法》規定，商品房銷售可以按套（單元）計價，也可以按套內建筑面積或者建筑面積計價。按套（單元）計價的房屋，誤差范圍在合同約定的范圍之內一般不會產生補、退房款。按套內建筑面積或者建筑面積計價的，當事人應當在合同中載明合同約定面積與產權登記面積發生誤差的處理方式。合同未作約定的，按以下原則處理：（1）面積誤差比值在3%以內（含3%）的，據實結算房價款；（2）面積誤差比值超出3%時，買受人有權退房。買受人退房的，房地產開發企業應當在買受人提出退房之日起30日內將買受人已付房價款退還給買受人，同時支付已付房價款利息。買受人不退房的，產權登記面積大于合同約定面積時，面積誤差比在3%以內（含3%）部分的房價款由買受人補足；超出3%部分的房價款由房地產開發企業承擔，產權歸買受人。產權登記面積小于合同約定面積時，面積誤差比值在3%以內（含3%）部分的房價款由房地產開發企業返還買受人；值超出3%部分的房價款由房地產開發企業雙倍返還買受人。
面積誤差比＝（產權登記面積－合同約定面積）/合同約定面積×1
當面積誤差比值超過3%時，房地產企業有可能支付客戶退房的房價款利息以及承擔超出3%部分的房價款，還有可能雙倍返還客戶值超出3%部分的房價款。
支付給客戶退房款以及雙倍返還客戶值超出3%部分的房價款房地產企業可以沖減其銷售收入。
確權面積結算差異是客觀存在的，補、退房款是正常的，不過實務中一般都能控制在3%以內。但結算資料要保存完整，以備核查。
二、房地產開發企業未支付的質量確保金，其扣除項目金額的確定問題
房地產開發企業在工程竣工驗收后，根據合同約定，扣留建筑安裝施工企業一定比例的工程款，作為開發項目的質量確保金，在計算土地增值稅時，建筑安裝施工企業就質量確保金對房地產開發企業開具發票的，按發票所載金額予以扣除；未開具發票的，扣留的質保金不得計算扣除。
解讀：土地增值稅清算與企業所得稅匯算清繳明顯的區別之一就是土地增值稅較為強勢，不考慮企業開發項目的預提成本，開發商工程竣工驗收后，應付未付工程款實務中普遍存在，訴訟公堂時有發生，不僅僅是工程質量確保金，大量欠款存在也必然導致施工方拒絕開具發票。開具發票，清算可以扣除且可以加計扣除20%，未開具發票，則不得計算扣除。本規定對于開發商土地增值稅清算影響甚巨。企業所得稅處理中允許當期預提成本不超過建造合同總額10%的可以扣除，且即便本期未扣，以后實際發生時仍然允許扣除。而土地增值稅一旦清算完畢，以后實際支付工程款索取發票再想追加清算怕是難上加難。
要改變這一困境，開發商應盡可能讓利于建筑承包商，即便先支付部分稅金也可，索取全部發票入賬，方可無清算之憂。
三、房地產開發費用的扣除問題
（一）財務費用中的利息支出，凡能夠按轉讓房地產項目計算分攤并提供金融機構證明的，允許據實扣除，但不能超過按商業銀行同類同期貸款利率計算的金額。其他房地產開發費用，在按照“取得土地使用權所支付的金額”與“房地產開發成本”金額之和的5%以內計算扣除。
（二）凡不能按轉讓房地產項目計算分攤利息支出或不能提供金融機構證明的，房地產開發費用在按“取得土地使用權所支付的金額”與“房地產開發成本”金額之和的10%以內計算扣除。
全部使用自有資金，沒有利息支出的，按照以上方法扣除。
上述具體適用的比例按省級人民政府此前規定的比例執行。
（三）房地產開發企業既向金融機構借款，又有其他借款的，其房地產開發費用計算扣除時不能同時適用本條（一）、（二）項所述兩種辦法。
（四）土地增值稅清算時，已經計入房地產開發成本的利息支出，應調整至財務費用中計算扣除。
解讀：第三條（一）、（二）的規定與《土地增值稅暫行條例實施細則》規定一致，細則第七條三款規定：財務費用中的利息支出，凡能夠按轉讓房地產項目計算分攤并提供金融機構證明的，允許據實扣除，但不能超過按商業銀行同類同期貸款利率計算的金額，其他房地產開發費用，按本條（一）、（二）項法規計算的金額之和的5%以內計算扣除。凡不能按轉讓房地產項目計算分攤利息支出或不能提供金融機構證明的，房地產開發費用按本條（一）、（二）項法規計算的金額之和的10%以內計算扣除。
新增內容有如下變化：
開發商開發成本或者財務費用中，均未有利息支出，全部使用自由資金，或者是一些民間借貸資金不方便入賬，那么利息支出的扣除可以適用“全部使用自有資金，沒有利息支出的，按照以上方法扣除”的規定。該規定相當于對于某些省市強調的沒有利息支出，僅允許扣除開發費用5%的規定做了糾正。
開發商既向金融機構借款，又有其他借款的，其房地產開發費用計算扣除時不能同時適用本條（一）、（二）項所述兩種辦法。但實際上一般還是選擇種方法，除非借款利息較少，金融機構借款利息支出遠遠高于5%。
開發成本會計科目設置一般將項目開發資本化利息支出計入“開發間接費用”核算，土地增值稅清算時，此部分利息支出應先調減開發成本，而后與財務費用中利息支出加總，再適用上述的計算辦法。
例如某項目取得土地使用權成本為2000萬元，開發成本1000萬元，其中開發成本——開發間接費用中利息支出20萬元，財務費用——利息支出10萬元，則計入土地增值稅扣除項目的開發成本為1000-20=980萬元，按照種方式計算可扣除開發費用（20+10）+（2000+1000-20）×5%=179萬元。按照種方式計算可扣除開發費用（2000+1000-20）×10%=298萬元。
四、房地產企業逾期開發繳納的土地閑置費的扣除問題
房地產開發企業逾期開發繳納的土地閑置費不得扣除。
解讀：根據國土資源部令[1999]第5號《閑置土地處置辦法》條規定，閑置土地是指土地使用者依法取得土地使用權后，未經原批準用地的人民政府同意，超過規定的期限未動工開發建設的建設用地。
具有下列情形之一的，可以認定為閑置土地：（一）國有土地有償使用合同或者建設用地批準書未規定動工開發建設日期，自國有土地有償使用合同生效或者土地行政主管部門建設用地批準書頒發之日起滿1年未動工開發建設的；（二）已動工開發建設但開發建設的面積占應動工開發建設總面積不足三分之一或者己投資額占總投資額不足25%且未經批準中止開發建設連續滿1年的；（三）法律、行政法規規定的其他情形。
對于在城市規劃區范圍內，以出讓等有償使用方式取得土地使用權進行房地產開發的閑置土地，超過出讓合同約定的動工開發日期滿1年未動工開發的，可以征收相當于土地使用權出讓金20%以下的土地閑置費；滿2年未動工開發時，可以無償收回土地使用權。目前各地方政府均規定有具體的實施辦法。收取土地閑置費旨在打消開發商囤地或捂盤而想獲得額外收益的意圖，從而遏制房價上漲。
土地閑置費征收比率較大，例如《珠海市國有土地閑置費征收實施辦法》規定，土地閑置費根據土地性質按照不同類別比例收取，其中，逾期不開發的住宅用地征收土地閑置費為合同地價或者基準地價的8%，逾期不開發的港口、碼頭、陸路交通運輸站場、工業、倉儲等工業用地按原合同地價的20%征收土地閑置費。
地價不斷上漲的今天，動輒每畝上百萬元、上千萬元的地價款，若征收土地閑置費，額也會很大，勢必將直接影響開發商的稅收利益。
《財政部關于企業房地產開發與交易若干財務處理問題的通知》（財基字[1995]938號）（此文件已廢止）規定，以出讓方式取得土地使用權的企業，因超過出讓合同約定的動工開發日期，按規定繳納的土地閑置費，或因滿二年未動工開發，被政府有關部門無償收回土地使用權而造成的損失，企業可計入當期管理費用。
若企業計入管理費用，按照土地增值稅清算規定，肯定是不能扣除的。這也與后來的國稅發[2006]31號文、國稅發[2009]31號文有沖突之處。
國稅發[2006]31號規定，房地產開發企業以出讓方式取得土地使用權進行房地產開發的，按照土地使用權出讓合同約定的土地用途、動工開發期限開發土地。因超過出讓合同約定的動工開發日期而繳納的土地閑置費，計入成本對象的施工成本；因無償收回土地使用權而形成的損失，可作為財產損失按規定進行扣除。
總局《房地產開發經營業務企業所得稅處理辦法》（國稅發[2009]31號）文發布后，國稅發[2006]31號即失效。但國稅發[2009]31號對于閑置土地費處理基本繼承了原來文件精神。國稅發[2009]31號十二條規定，企業因無償收回土地使用權而形成的損失，可作為財產損失按有關規定在稅前扣除。十七條開發產品計稅成本支出——土地征用費及補償費指為取得土地開發使用權（或開發權）而發生的各項費用，主要包括土地買價或出讓金、大市政配套費、契稅、耕地占用稅、土地使用費、土地閑置費、土地變更用途和超面積補交補交的地價及相關稅費、補償支出、安置及動遷支出、回遷房建造支出、農作物補償費、危房補償費等。
據以上規定，按照稅務處理，土地閑置費計入開發成本，收回土地造成的損失可作為財產損失企業所得稅前扣除。國稅函[2010]220號這次明確土地閑置費不得土地增值稅稅前扣除。這又成為房地產企業所得稅與土地增值稅的一大區別。
五、房地產開發企業取得土地使用權時支付的契稅的扣除問題
房地產開發企業為取得土地使用權所支付的契稅，應視同“按統一規定交納的有關費用”，計入“取得土地使用權所支付的金額”中扣除。
解讀：土地增值稅暫行條例規定，取得土地使用權所支付的金額，是指納稅人為取得土地使用權所支付的地價款和按統一法規繳納的有關費用。國稅發[2009]91號文的附件清算表樣“取得土地使用權所支付的金額”列舉了以下內容：支付土地價款支付情況包括支付的土地出讓金、支付地價款金額、交納的有關稅費。支付土地征用費用情況包括土地征用費用、耕地占用稅、勞動力安置費、安置動遷用房支出、拆遷補償款等。雖然沒有明確契稅是否有關稅費。但是土地出讓要繳納的稅金除耕地占用稅外主要就是契稅了。有人認為契稅不能列為扣除項目扣除，這次國稅函[2010]220號給予了明確。
六、關于拆遷安置土地增值稅計算問題
（一）房地產企業用建造的本項目房地產安置回遷戶的，安置用房視同銷售處理，按《稅務總局關于房地產開發企業土地增值稅清算管理有關問題的通知》（國稅發[2006]187號）第三條第（一）款規定確認收入，同時將此確認為房地產開發項目的拆遷補償費。房地產開發企業支付給回遷戶的補差價款，計入拆遷補償費；回遷戶支付給房地產開發企業的補差價款，應抵減本項目拆遷補償費。
（二）開發企業采取異地安置，異地安置的房屋屬于自行開發建造的，房屋價值按國稅發[2006]187號第三條第（一）款的規定計算，計入本項目的補償費；異地安置的房屋屬于購入的，以實際支付的購房支出計入拆遷補償費。
（三）貨幣安置拆遷的，房地產開發企業憑合法憑據計入拆遷補償費。
解讀：國稅發[2006]187號第三條第（一）款規定，房地產開發企業將開發產品用于職工福利、獎勵、對外投資、分配給股東或投資人、抵償債務、換取其他單位和個人的非貨幣性資產等，發生所有權轉移時應視同銷售房地產，其收入按下列方法和順序確認：1、按本企業在同一地區、同一年度銷售的同類房地產的平均價格確定；2、由主管稅務機關參照當地當年、同類房地產的市場價格或評估價值確定。
國稅發[2009]31號第三十一條對于企業所得稅的處理規定，企業以非貨幣交易方式取得土地使用權的，接受投資的企業在接受土地使用權時暫不確認其成本，待分出開發產品時，再按應分出開發產品（包括分出的和以后應分出的）的市場公允價值和土地使用權轉移過程中應支付的相關稅費計算確認該項土地使用權的成本。如涉及補價，土地使用權的取得成本還應加上應支付的補價款或減除應收到的補價款。
拆遷補償涉及產權調換，包括貨幣補償、房屋實務補償，貨幣和實物補償相結合三種方式，貨幣補償相對簡單；房屋補償按照拆一換一不涉及貨幣補償或收取差價的，可以直接按本企業在同一地區、同一年度銷售的同類房地產的平均價格確定收入和拆遷補償費；貨幣補償與實務補償相結合，拆遷100，補償100或是1套新房，若額外開發商還要收取結構價差，此結構差價款作為土地成本沖回。若房地產開發企業支付給回遷戶的補差價，相當于住房+貨幣購入土地，也要調整土地成本。
土地增值稅與企業所得稅處理原則是一致的，但計算效果還是有差別的。例如“拆一還一”100，市場價值50萬元，收入50萬元，拆遷補償成本也是50萬元，暫不考慮流轉稅金，企業所得稅處理50-50=0。土地增值稅處理50-50-50×20%= -10萬元。所以拆遷補償能起到的抵免土地增值稅的作用。
七、關于轉讓舊房準予扣除項目的加計問題
《財政部、稅務總局關于土地增值稅若干問題的通知》（財稅[2006]21號）條款規定“納稅人轉讓舊房及建筑物，凡不能取得評估價格，但能提供購房發票的，經當地稅務部門確認，《條例》第六條第（一）、（三）項規定的扣除項目的金額，可按發票所載金額并從購買年度起至轉讓年度止每年加計5%計算”。計算扣除項目時“每年”按購房發票所載日期起至售房發票開具之日止，每滿12個月計一年；超過一年，未滿12個月但超過6個月的，可以視同為一年。
解讀：國稅函[2010]220號對于財稅[2006]21號給出了具體的計算方式，那就是不按公歷年度計算，算實際天數，一年不滿12個月，但超過6個月，視同一年計算。
對于轉讓舊房的土地增值稅政策，還有近期發布的財稅[2010]42號文《關于城市和國有工礦棚戶區改造項目有關稅收優惠政策的通知》，該通知規定，企事業單位、社會團體以及其他組織轉讓舊房作為改造安置住房房源且增值額未超過扣除項目金額20%的，免征土地增值稅。且沒有再強調是否為普通住宅。
八、土地增值稅清算后應補繳的土地增值稅加收滯納金問題
納稅人按規定預繳土地增值稅后，清算補繳的土地增值稅，在主管稅務機關規定的期限內補繳的，不加收滯納金。
解讀：那么納稅人就要注意主管稅務機關給出的規定期限是多長了。清算補繳稅款不納滯納金，并不表示預征稅款沒有滯納金，例如某省省土地增值稅的征收管理規定“對從事房地產開發的納稅人，在項目全部竣工結算前轉讓房地產取得的收入（包括預售房收入），按規定預征率預征土地增值稅，并按房地產所在地主管地方稅務機關確定的申報期限，于月末或季末終了后10日內，繳納土地增值稅。對未按預征規定期限繳納稅款的，根據《稅收征管法》及其《實施細則》的有關規定，從限定的繳納稅款期限屆滿之次日起，加收滯納金。”這也需要納稅人注意。
近日，為了進一步做好土地增值稅清算工作，稅務總局下發了《稅務總局關于土地增值稅清算有關問題的通知》（國稅函[2010]220號）就土地增值稅清算工作中有關問題作出明確。筆者結合相關政策解讀如下。
一、關于土地增值稅清算時收入確認的問題
土地增值稅清算時，已全額開具商品房銷售發票的，按照發票所載金額確認收入；未開具發票或未全額開具發票的，以交易雙方簽訂的銷售合同所載的售房金額及其他收益確認收入。銷售合同所載商品房面積與有關部門實際測量面積不一致，在清算前已發生補、退房款的，應在計算土地增值稅時予以調整。
解讀：《稅務總局關于房地產開發企業土地增值稅清算管理有關問題的通知》（國稅發[2006]187號）以及《稅務總局關于印發<土地增值稅清算管理規程>的通知》（國稅發[2009]91號）規定納稅人下列情形之一的，應進行土地增值稅的清算：1、房地產開發項目全部竣工、完成銷售的；2、整體轉讓未竣工決算房地產開發項目的；3、直接轉讓土地使用權的。納稅人符合下列情形之一的，主管稅務機關可要求納稅人進行土地增值稅清算：1、已竣工驗收的房地產開發項目，已轉讓的房地產建筑面積占整個項目可售建筑面積的比例在85%以上，或該比例雖未超過85%，但剩余的可售建筑面積已經出租或自用的；2、取得銷售（預售）許可證滿三年仍未銷售完畢的；3、納稅人申請注銷稅務登記但未辦理土地增值稅清算手續的；4、省稅務機關規定的其他情況。
納稅人具備以上條件，無論是主動清算還是被動清算，都要首先面臨一個問題，就是如何確定收入總額。根據國稅函[2010]220號具體可歸納為以下兩種情況。
1、開發項目銷售完畢且已全額開具商品房銷售發票的，按照發票所載金額確認收入
開發產品銷售收入若會計處理均通過“預收賬款”科目核算，則“預收賬款”各年度該項目累計發生額即為收入總額。此種情況下，商品房確權面積已經完成，確權面積結算價款已經確認，終結算發票已經全部開具，依據發票所載金額確認土地增值稅收入是成立的，某些省市規定開發商只要銷售收款就開具發票，比如天津市。所以發票所載金額能夠反映出商品房銷售收入。這種情況下清算時要注意復核編制的項目簽約銷售清單、確認面積結算單、銷售發票或銷售收據是否一致，相互勾稽關系是否成立。
此外，未在“預收賬款”科目核算的屬于轉讓房地產的全部價款及有關的經濟收益的收費項目也應當計入收入總額。對于開發商在項目開發過程中代收費用是否計入收入總額繳納土地增值稅，要注意財政部、稅務總局《關于土地增值稅一些具體問題規定的通知》[1995]48號文件中規定：“對于縣級及縣級以上人民政府要求房地產開發企業在售房時代收的各項費用，如果代收費用是計入房價中向購買方一并收取的，可做為轉讓房地產所取得的收入計稅；如果代收費用未計入房價中，而是在房價之外單獨收取的，可以不作為轉讓房地產的收入。對于代收費用作為轉讓收入計稅的，在計算扣除項目金額時，可予以扣除，但不允許作為加計20%扣除的基數；對于代收費用未作為轉讓房地產的收入計稅的，在計算增值額時不允許扣除代收費用”。因此，若房地產開發企業不是按照縣級以上人民政府的規定要求代收的費用，則也要作為開發產品的收入總額征稅。財務處理計入“其他應付款”科目核算，可能導致銷售合同清單、銷售發票清單與會計科目“預收賬款”收入總額不相一致。所以清算時對于銷售收入總額要分析填列。
國稅發[2006]187號規定，土地增值稅以有關部門審批的房地產開發項目為單位進行清算，對于分期開發的項目，以分期項目為單位清算。開發項目中同時包含普通住宅和非普通住宅的，應分別計算增值額。所以銷售收入總額還要首先分期確定，然后分類確定。
2、未開具發票或未全額開具發票的，以交易雙方簽訂的銷售合同所載的售房金額及其他收益確認收入。銷售合同所載商品房面積與有關部門實際測量面積不一致，在清算前已發生補、退房款的，應在計算土地增值稅時予以調整。
并不是所有省市均要求開發商收款就要開具發票，甚至以前年度尚未清算的老項目也存在一定程度的欠開發票現象，僅依據發票所載金額不能如實反映開發產品銷售總額，特別是開發產品已售未收款在財務賬目也沒有反映的情況下，哪么清算所依據的重要資料就是交易雙方簽訂的銷售合同，按照合同所載的售房金額及其他收益確認收入也是成立的。但這種方式不能清算時是否已將全部銷售合同如實包括，不能確認是否全部銷售合同均屬備案。無論納稅人還是主管稅務機關，對于開發項目的開發樓棟、開發套數、規劃面積、預售面積、確權面積等基本數據要進行逐一復核，印證相互勾稽關系。
開發項目開始清算，按照開發商編制的項目銷售合同簽約明細表確認收入，若沒有考慮已經按照實際確權面積進行結算的補、退房款差異，仍會存在誤差。
《商品房銷售管理辦法》規定，商品房銷售可以按套（單元）計價，也可以按套內建筑面積或者建筑面積計價。按套（單元）計價的房屋，誤差范圍在合同約定的范圍之內一般不會產生補、退房款。按套內建筑面積或者建筑面積計價的，當事人應當在合同中載明合同約定面積與產權登記面積發生誤差的處理方式。合同未作約定的，按以下原則處理：（1）面積誤差比值在3%以內（含3%）的，據實結算房價款；（2）面積誤差比值超出3%時，買受人有權退房。買受人退房的，房地產開發企業應當在買受人提出退房之日起30日內將買受人已付房價款退還給買受人，同時支付已付房價款利息。買受人不退房的，產權登記面積大于合同約定面積時，面積誤差比在3%以內（含3%）部分的房價款由買受人補足；超出3%部分的房價款由房地產開發企業承擔，產權歸買受人。產權登記面積小于合同約定面積時，面積誤差比值在3%以內（含3%）部分的房價款由房地產開發企業返還買受人；值超出3%部分的房價款由房地產開發企業雙倍返還買受人。
面積誤差比＝（產權登記面積－合同約定面積）/合同約定面積×1
當面積誤差比值超過3%時，房地產企業有可能支付客戶退房的房價款利息以及承擔超出3%部分的房價款，還有可能雙倍返還客戶值超出3%部分的房價款。
支付給客戶退房款以及雙倍返還客戶值超出3%部分的房價款房地產企業可以沖減其銷售收入。
確權面積結算差異是客觀存在的，補、退房款是正常的，不過實務中一般都能控制在3%以內。但結算資料要保存完整，以備核查。
二、房地產開發企業未支付的質量確保金，其扣除項目金額的確定問題
房地產開發企業在工程竣工驗收后，根據合同約定，扣留建筑安裝施工企業一定比例的工程款，作為開發項目的質量確保金，在計算土地增值稅時，建筑安裝施工企業就質量確保金對房地產開發企業開具發票的，按發票所載金額予以扣除；未開具發票的，扣留的質保金不得計算扣除。
解讀：土地增值稅清算與企業所得稅匯算清繳明顯的區別之一就是土地增值稅較為強勢，不考慮企業開發項目的預提成本，開發商工程竣工驗收后，應付未付工程款實務中普遍存在，訴訟公堂時有發生，不僅僅是工程質量確保金，大量欠款存在也必然導致施工方拒絕開具發票。開具發票，清算可以扣除且可以加計扣除20%，未開具發票，則不得計算扣除。本規定對于開發商土地增值稅清算影響甚巨。企業所得稅處理中允許當期預提成本不超過建造合同總額10%的可以扣除，且即便本期未扣，以后實際發生時仍然允許扣除。而土地增值稅一旦清算完畢，以后實際支付工程款索取發票再想追加清算怕是難上加難。
要改變這一困境，開發商應盡可能讓利于建筑承包商，即便先支付部分稅金也可，索取全部發票入賬，方可無清算之憂。
三、房地產開發費用的扣除問題
（一）財務費用中的利息支出，凡能夠按轉讓房地產項目計算分攤并提供金融機構證明的，允許據實扣除，但不能超過按商業銀行同類同期貸款利率計算的金額。其他房地產開發費用，在按照“取得土地使用權所支付的金額”與“房地產開發成本”金額之和的5%以內計算扣除。
（二）凡不能按轉讓房地產項目計算分攤利息支出或不能提供金融機構證明的，房地產開發費用在按“取得土地使用權所支付的金額”與“房地產開發成本”金額之和的10%以內計算扣除。
全部使用自有資金，沒有利息支出的，按照以上方法扣除。
上述具體適用的比例按省級人民政府此前規定的比例執行。
（三）房地產開發企業既向金融機構借款，又有其他借款的，其房地產開發費用計算扣除時不能同時適用本條（一）、（二）項所述兩種辦法。
（四）土地增值稅清算時，已經計入房地產開發成本的利息支出，應調整至財務費用中計算扣除。
解讀：第三條（一）、（二）的規定與《土地增值稅暫行條例實施細則》規定一致，細則第七條三款規定：財務費用中的利息支出，凡能夠按轉讓房地產項目計算分攤并提供金融機構證明的，允許據實扣除，但不能超過按商業銀行同類同期貸款利率計算的金額，其他房地產開發費用，按本條（一）、（二）項法規計算的金額之和的5%以內計算扣除。凡不能按轉讓房地產項目計算分攤利息支出或不能提供金融機構證明的，房地產開發費用按本條（一）、（二）項法規計算的金額之和的10%以內計算扣除。
新增內容有如下變化：
開發商開發成本或者財務費用中，均未有利息支出，全部使用自由資金，或者是一些民間借貸資金不方便入賬，那么利息支出的扣除可以適用“全部使用自有資金，沒有利息支出的，按照以上方法扣除”的規定。該規定相當于對于某些省市強調的沒有利息支出，僅允許扣除開發費用5%的規定做了糾正。
開發商既向金融機構借款，又有其他借款的，其房地產開發費用計算扣除時不能同時適用本條（一）、（二）項所述兩種辦法。但實際上一般還是選擇種方法，除非借款利息較少，金融機構借款利息支出遠遠高于5%。
開發成本會計科目設置一般將項目開發資本化利息支出計入“開發間接費用”核算，土地增值稅清算時，此部分利息支出應先調減開發成本，而后與財務費用中利息支出加總，再適用上述的計算辦法。
例如某項目取得土地使用權成本為2000萬元，開發成本1000萬元，其中開發成本——開發間接費用中利息支出20萬元，財務費用——利息支出10萬元，則計入土地增值稅扣除項目的開發成本為1000-20=980萬元，按照種方式計算可扣除開發費用（20+10）+（2000+1000-20）×5%=179萬元。按照種方式計算可扣除開發費用（2000+1000-20）×10%=298萬元。
四、房地產企業逾期開發繳納的土地閑置費的扣除問題
房地產開發企業逾期開發繳納的土地閑置費不得扣除。
解讀：根據國土資源部令[1999]第5號《閑置土地處置辦法》條規定，閑置土地是指土地使用者依法取得土地使用權后，未經原批準用地的人民政府同意，超過規定的期限未動工開發建設的建設用地。
具有下列情形之一的，可以認定為閑置土地：（一）國有土地有償使用合同或者建設用地批準書未規定動工開發建設日期，自國有土地有償使用合同生效或者土地行政主管部門建設用地批準書頒發之日起滿1年未動工開發建設的；（二）已動工開發建設但開發建設的面積占應動工開發建設總面積不足三分之一或者己投資額占總投資額不足25%且未經批準中止開發建設連續滿1年的；（三）法律、行政法規規定的其他情形。
對于在城市規劃區范圍內，以出讓等有償使用方式取得土地使用權進行房地產開發的閑置土地，超過出讓合同約定的動工開發日期滿1年未動工開發的，可以征收相當于土地使用權出讓金20%以下的土地閑置費；滿2年未動工開發時，可以無償收回土地使用權。目前各地方政府均規定有具體的實施辦法。收取土地閑置費旨在打消開發商囤地或捂盤而想獲得額外收益的意圖，從而遏制房價上漲。
土地閑置費征收比率較大，例如《珠海市國有土地閑置費征收實施辦法》規定，土地閑置費根據土地性質按照不同類別比例收取，其中，逾期不開發的住宅用地征收土地閑置費為合同地價或者基準地價的8%，逾期不開發的港口、碼頭、陸路交通運輸站場、工業、倉儲等工業用地按原合同地價的20%征收土地閑置費。
地價不斷上漲的今天，動輒每畝上百萬元、上千萬元的地價款，若征收土地閑置費，額也會很大，勢必將直接影響開發商的稅收利益。
《財政部關于企業房地產開發與交易若干財務處理問題的通知》（財基字[1995]938號）（此文件已廢止）規定，以出讓方式取得土地使用權的企業，因超過出讓合同約定的動工開發日期，按規定繳納的土地閑置費，或因滿二年未動工開發，被政府有關部門無償收回土地使用權而造成的損失，企業可計入當期管理費用。
若企業計入管理費用，按照土地增值稅清算規定，肯定是不能扣除的。這也與后來的國稅發[2006]31號文、國稅發[2009]31號文有沖突之處。
國稅發[2006]31號規定，房地產開發企業以出讓方式取得土地使用權進行房地產開發的，按照土地使用權出讓合同約定的土地用途、動工開發期限開發土地。因超過出讓合同約定的動工開發日期而繳納的土地閑置費，計入成本對象的施工成本；因無償收回土地使用權而形成的損失，可作為財產損失按規定進行扣除。
總局《房地產開發經營業務企業所得稅處理辦法》（國稅發[2009]31號）文發布后，國稅發[2006]31號即失效。但國稅發[2009]31號對于閑置土地費處理基本繼承了原來文件精神。國稅發[2009]31號十二條規定，企業因無償收回土地使用權而形成的損失，可作為財產損失按有關規定在稅前扣除。十七條開發產品計稅成本支出——土地征用費及補償費指為取得土地開發使用權（或開發權）而發生的各項費用，主要包括土地買價或出讓金、大市政配套費、契稅、耕地占用稅、土地使用費、土地閑置費、土地變更用途和超面積補交補交的地價及相關稅費、補償支出、安置及動遷支出、回遷房建造支出、農作物補償費、危房補償費等。
據以上規定，按照稅務處理，土地閑置費計入開發成本，收回土地造成的損失可作為財產損失企業所得稅前扣除。國稅函[2010]220號這次明確土地閑置費不得土地增值稅稅前扣除。這又成為房地產企業所得稅與土地增值稅的一大區別。
五、房地產開發企業取得土地使用權時支付的契稅的扣除問題
房地產開發企業為取得土地使用權所支付的契稅，應視同“按統一規定交納的有關費用”，計入“取得土地使用權所支付的金額”中扣除。
解讀：土地增值稅暫行條例規定，取得土地使用權所支付的金額，是指納稅人為取得土地使用權所支付的地價款和按統一法規繳納的有關費用。國稅發[2009]91號文的附件清算表樣“取得土地使用權所支付的金額”列舉了以下內容：支付土地價款支付情況包括支付的土地出讓金、支付地價款金額、交納的有關稅費。支付土地征用費用情況包括土地征用費用、耕地占用稅、勞動力安置費、安置動遷用房支出、拆遷補償款等。雖然沒有明確契稅是否有關稅費。但是土地出讓要繳納的稅金除耕地占用稅外主要就是契稅了。有人認為契稅不能列為扣除項目扣除，這次國稅函[2010]220號給予了明確。
六、關于拆遷安置土地增值稅計算問題
（一）房地產企業用建造的本項目房地產安置回遷戶的，安置用房視同銷售處理，按《稅務總局關于房地產開發企業土地增值稅清算管理有關問題的通知》（國稅發[2006]187號）第三條第（一）款規定確認收入，同時將此確認為房地產開發項目的拆遷補償費。房地產開發企業支付給回遷戶的補差價款，計入拆遷補償費；回遷戶支付給房地產開發企業的補差價款，應抵減本項目拆遷補償費。
（二）開發企業采取異地安置，異地安置的房屋屬于自行開發建造的，房屋價值按國稅發[2006]187號第三條第（一）款的規定計算，計入本項目的補償費；異地安置的房屋屬于購入的，以實際支付的購房支出計入拆遷補償費。
（三）貨幣安置拆遷的，房地產開發企業憑合法憑據計入拆遷補償費。
解讀：國稅發[2006]187號第三條第（一）款規定，房地產開發企業將開發產品用于職工福利、獎勵、對外投資、分配給股東或投資人、抵償債務、換取其他單位和個人的非貨幣性資產等，發生所有權轉移時應視同銷售房地產，其收入按下列方法和順序確認：1、按本企業在同一地區、同一年度銷售的同類房地產的平均價格確定；2、由主管稅務機關參照當地當年、同類房地產的市場價格或評估價值確定。
國稅發[2009]31號第三十一條對于企業所得稅的處理規定，企業以非貨幣交易方式取得土地使用權的，接受投資的企業在接受土地使用權時暫不確認其成本，待分出開發產品時，再按應分出開發產品（包括分出的和以后應分出的）的市場公允價值和土地使用權轉移過程中應支付的相關稅費計算確認該項土地使用權的成本。如涉及補價，土地使用權的取得成本還應加上應支付的補價款或減除應收到的補價款。
拆遷補償涉及產權調換，包括貨幣補償、房屋實務補償，貨幣和實物補償相結合三種方式，貨幣補償相對簡單；房屋補償按照拆一換一不涉及貨幣補償或收取差價的，可以直接按本企業在同一地區、同一年度銷售的同類房地產的平均價格確定收入和拆遷補償費；貨幣補償與實務補償相結合，拆遷100，補償100或是1套新房，若額外開發商還要收取結構價差，此結構差價款作為土地成本沖回。若房地產開發企業支付給回遷戶的補差價，相當于住房+貨幣購入土地，也要調整土地成本。
土地增值稅與企業所得稅處理原則是一致的，但計算效果還是有差別的。例如“拆一還一”100，市場價值50萬元，收入50萬元，拆遷補償成本也是50萬元，暫不考慮流轉稅金，企業所得稅處理50-50=0。土地增值稅處理50-50-50×20%= -10萬元。所以拆遷補償能起到的抵免土地增值稅的作用。
七、關于轉讓舊房準予扣除項目的加計問題
《財政部、稅務總局關于土地增值稅若干問題的通知》（財稅[2006]21號）條款規定“納稅人轉讓舊房及建筑物，凡不能取得評估價格，但能提供購房發票的，經當地稅務部門確認，《條例》第六條第（一）、（三）項規定的扣除項目的金額，可按發票所載金額并從購買年度起至轉讓年度止每年加計5%計算”。計算扣除項目時“每年”按購房發票所載日期起至售房發票開具之日止，每滿12個月計一年；超過一年，未滿12個月但超過6個月的，可以視同為一年。
解讀：國稅函[2010]220號對于財稅[2006]21號給出了具體的計算方式，那就是不按公歷年度計算，算實際天數，一年不滿12個月，但超過6個月，視同一年計算。
對于轉讓舊房的土地增值稅政策，還有近期發布的財稅[2010]42號文《關于城市和國有工礦棚戶區改造項目有關稅收優惠政策的通知》，該通知規定，企事業單位、社會團體以及其他組織轉讓舊房作為改造安置住房房源且增值額未超過扣除項目金額20%的，免征土地增值稅。且沒有再強調是否為普通住宅。
八、土地增值稅清算后應補繳的土地增值稅加收滯納金問題
納稅人按規定預繳土地增值稅后，清算補繳的土地增值稅，在主管稅務機關規定的期限內補繳的，不加收滯納金。
解讀：那么納稅人就要注意主管稅務機關給出的規定期限是多長了。清算補繳稅款不納滯納金，并不表示預征稅款沒有滯納金，例如某省省土地增值稅的征收管理規定“對從事房地產開發的納稅人，在項目全部竣工結算前轉讓房地產取得的收入（包括預售房收入），按規定預征率預征土地增值稅，并按房地產所在地主管地方稅務機關確定的申報期限，于月末或季末終了后10日內，繳納土地增值稅。對未按預征規定期限繳納稅款的，根據《稅收征管法》及其《實施細則》的有關規定，從限定的繳納稅款期限屆滿之次日起，加收滯納金。”這也需要納稅人注意。
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